Analisi delle mutazioni
Ogni tumore presenta una costellazione differente di mutazioni genetiche. Le informazioni riguardanti queste mutazioni, che si acquisiscono mediante sequenziamento del DNA, rivestono un ruolo sempre più importante sia in ambito diagnostico che sul piano del trattamento oncologico (dal punto di vista prognostico e predittivo per la scelta della terapia).
Vengono utilizzate principalmente due tecniche di sequenziamento: il sequenziamento secondo il metodo Sanger e il Next Generation Sequencing (NGS).
Materiale
Per entrambe le tecniche si possono utilizzare preparati istologici da taglio/in blocco, preparati citologici e tessuto fresco.
Next Generation Sequencing (NGS)
Oggi è possibile individuare in breve tempo tutte le mutazioni rilevanti sequenziando in parallelo numerosi geni del DNA e RNA tumorale mediante sequenziamento ad alta resa (il cosiddetto Next Generation Sequencing, NGS). Il NGS consente in particolare il sequenziamento mirato del DNA e RNA per il rilevamento simultaneo di mutazioni clinicamente rilevanti, variazioni del numero di copie e trascritti di fusione. È utilizzabile anche per piccole biopsie con ridotta quantità di cellule tumorali. Questa tecnica fornisce risultati affidabili nell’ambito della diagnostica di routine e soddisfa gli attuali requisiti per la stratificazione della terapia.
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Sequenziamento Sanger
Il sequenziamento Sanger è considerato uno dei metodi classici di sequenziamento del DNA e consente la determinazione della successione di basi di brevi sequenze di un determinato gene. Nell’ambito della diagnostica dei tumori vengono confrontate le sequenze di DNA di pazienti malati con quelle di soggetti sani al fine di identificare le sequenze di DNA mutate nel tumore.